История Фонда насчитывает более 15 лет, начало было заложено в 1991 году, когда Указом Президента Кыргызской Республики «О Фонде национального предпринимательства» №УП-223 от 23 августа 1991 года был учрежден Фонд Национального предпринимательства.
Далее в 1994 году также Указом Президента Кыргызской Республики «Об образовании Фонда развития предпринимательства Кыргызской Республики» №УП-257 от 12 октября 1994 года на базе Фонда Национального предпринимательства образован Фонд развития предпринимательства, т.е. была проведена реорганизация Фонда.
После этого было проведено несколько реорганизаций в ходе реформ и иных мероприятий в рамках усовершенствования системы государственного управления.
Так, в 1996 году Указом Президента Кыргызской Республики «О структуре и составе Правительства Кыргызской Республики» №УП-45 от 4 марта 1996 года при Правительстве образован Государственный фонд поддержки малого и среднего бизнеса.
В 2000 году Указом Президента «О реорганизации центральных органов государственного управления» №УП 363 от 28 декабря 2000 года образована Государственная комиссия при Правительстве Кыргызской Республики по развитию предпринимательства.
Последний раз реорганизация Фонда произошла в 2004 году, когда в целях усиления целенаправленной поддержки малого и среднего предпринимательства, а также для сохранения профиля специализированной организации по финансированию сектора малого и среднего предпринимательства, постановлением Правительства КР от 13 апреля 2004 г. №250 образовано Открытое акционерное общество микрокредитная компания «Фонд развития предпринимательства» (далее – Фонд), являющееся правопреемником Государственной комиссии при Правительстве КР по развитию предпринимательства в части финансово-кредитных функций.
На сегодняшний день Фонд является единственной микрокредитной компанией, владельцем 100% акций которого выступает Правительство Кыргызской Республики в лице Фонда по управлению госимуществом при Правительстве Кыргызской Республики.
Основным направлением деятельности Фонда является финансово-кредитная поддержка субъектов предпринимательства.